Les communautés bactériennes associées à l’orge sous différentes conditions en système de culture oasien

Abstract

Les plantes abritent dans leurs racines des microbiomes bactériens qui contribuent à leur bon fonctionnement. La composition de ces microbiomes est contrôlée par l'environnement et par la plante. Il a été démontré que le stress hydrique réduit la dissimilarité de la composition du microbiome racinaire de différentes espèces. Cependant, on ignore s’il s’agit d’une réponse spécifique au stress hydrique ou d’une réponse plus générique aux stress abiotiques. Pour tester cela, nous avons étudié l'effet du stress salin sur deux génotypes distincts d'orge (Hordeum vulgare L.) : un cultivar local algérien et le cultivar de référence Golden Promise. Comme inoculum, nous avons utilisé un sol issu d'une terre agricole salinisée et dégradée sur laquelle l'orge était cultivée. Des expériences en conditions contrôlées ont montré que la croissance des plantes inoculées était stimulée sous un stress salin élevé (200mM) d'une manière indépendante du génotype de la plante, tandis que le cultivar local a également montré une stimulation de croissance significative à de faibles concentrations de sel. L’analyse des microbiomes racinaires a révélé une dissimilarité réduite des communautés bactériennes des deux génotypes d'orge en réponse à une teneur élevée en sel, en particulier dans le compartiment endophyte. Une teneur élevée en sel n'a pas réduit la diversité a (richesse) dans le compartiment endophyte des deux génotypes végétaux, mais s'est associée à un nombre accru de bactéries similaires qui répondent positivement à une teneur élevée en sel. Parmi lesquelles, des membres de Pseudomonas étaient les plus abondants. Ces résultats suggèrent que le stress abiotique modifie la composition du microbiome des plantes de manière générique.