Diversité des bactéries ichtyopathogènes dans les écosystèmes lacustres algériens

Abstract

En Algérie, de nombreuses pertes de poissons ont été signalées dans différents barrages au cours de la dernière décennie. Ces taux de mortalités élevés peuvent être la conséquence d’un déséquilibre de l’écosystème associé à la présence de bactéries ichtyopathogènes. Pourtant, aucune étude microbiologique n'a été publiée sur le sujet. Dans ce contexte, nous nous sommes proposés d’entreprendre une étude microbiologique sur deux barrages utilisés comme bassins de pisciculture destinés à la consommation humaine, Guenitra au Nord-Est du pays et Sekkak au Nord-Ouest. La qualité physico-chimique et microbiologique des eaux a été évaluée. Les bactéries ichtyopathogènes ont été recherchées, identifiées, caractérisées et leurs profils de résistance aux antibiotiques ont été établis. Ce travail a permis l’obtention d’une collection de 187 souches appartenant à 48 espèces parmi les quelles 92 issues du barrage Guenitra (59 isolées des eaux et 33 isolées des poissons) et 95 issues du barrage de Sekkak (63 isolées des eaux et 32 isolées des poissons). par ailleurs, 20 espèces sont connues pour leur pouvoir ichtyopathogène. Les souches isolées à partir des eaux des barrages présentent une résistance importante et près de 64 % d’entre elles sont classées comme multirésistantes (MDR). Parmi ces MDR la souche G1 a été sélectionnée pour une étude génomique. Le séquençage de son génome a permis de l’affilier à l’espèce Providencia rettgeri et a révélé la présence d’une diversité importante de gènes impliqués dans la virulence et dans la résistance aux agents antimicrobiens. Cette thèse démontre que les écosystèmes lacustres algérien hébergent des bactéries ichtyopathogènes et constituent un réservoir de bactéries multirésistantes porteuses également de gènes de virulence, et peut, de ce fait, avoir des conséquences désastreuses sur la santé animale et humaine.